Liste des modifications de Jmol:

Participants:

MTH = Miguel Howard (miguel@jmol.org)
EW = Egon Willighagen (egonw@sci.kun.nl)
TD = Tim Driscoll (driscoll@molvisions.com)
NV = Nicolas Vervelle (nvervell@club-internet.fr)
ST = Simon Tyrrell (smt40@cam.ac.uk)
OS = Oliver Stuker (revilo@oc38.uni-paderborn.de)
RK = Rene Kanters (rkanters@richmond.edu)
RH = Bob Hanson (hansonr@stolaf.edu)
JR = Jan Reichert (jr@imb-jena.de)
FD = Fabian Dortu (fabian.dortu@wanadoo.be)
BS = Bradley A. Smith (bradley@baysmith.com)
DG = Dan Gezelter (gezelter@openscience.org)
CS = Christoph Steinbeck (steinbeck@ice.mpg.de)
TG = Tom Grey (t.grey@ic.ac.uk)
CF = Charles Fulton (fultoncr@ucarb.com)
MB = Mike Beachy (beachy@alum.mit.edu)
HG = Hugo Garcia (elhugo@objectchemistry.org)
MM = Matthew Meinek (mmeineke@nd.edu)
JJ = Jochen Junker (jochen.junker@yale.edu)
CR = Christian Ribeaud (christian.ribeaud@genedata.com)
JRK = Jonathan C. Rienstra-Kiracofe (jrienst@emory.edu)
CR2 = Carl Resnikoff (carl@resnikoff.net)
AS = Agustí Sánchez (asanc@users.sourceforge.net)
CPY = Chih-Peng Yang (cpyang@siraya.net)
RG = Rajarshi Guha (rxg218@psu.edu)
TIM = Tache Ionut Madalin (madalin@notme.org)
FL = Friedmann Lívia (semper_fi@galamb.net)
IS = Ivo Sarak (ivo@vendomar.ee)
CPN = Clodoaldo Pinto Neto (clodoaldo.pinto@gmail.com)
PV = Peter Vanwing (gagaman@gmail.com)
AH = Angel Herráez (angel.herraez@uah.es)
TOHW = Toby White (tow21@cam.ac.uk)

jmol-10.??

• Amélioration du CdkJmolAdpater: les propriétés PDB sont maintenant supportées, ChemSequence/ChemModel est mappé sur AtomSetCollection/AtomSet. (EW)
• Ajout de la lecture des structures d'entrée pour les fichiers Mopac. (EW)
• Ajout de la lecture des fichier current.xyz de Folding@Home (folding.stanford.edu). (NV)
• Support d'Unicode dans les scripts. (MTH)
• Ajout du rendu des surfaces maillées.
• Ajout du rendu des polyhèdres. (MTH)
• Ajout du Drag-and-Drop à l'application pour les JVM 1.5 et ultérieures. (ST)
• Ajout du plugin DADMLBrowser qui permet de récupérer des informations chimiques sur internet avec des requêtes sur des indices et des URIs telles que dadml://any/pdbid?1CRN. (EW)
• Ajout du support pour les fichiers smol Spartan '04. (EW)
• Ajout de la commande substructure pour la recherche de structure SMILES. (NV)
• Traductions hollandaise, estonienne, hongroise, portugaise, roumaine de la page Folding@Home. (PV,IS,FL,CPN,TIM)
• Traduction espagnole de l'Application, de l'Applet et du site web. (AH)
• Traduction estonienne de l'Application et de l'Applet. (IS)

jmol-10

• Réarchitecture et réimplémentation du noyau Jmol (MTH)
• Architecture et implémentation du moteur graphique de rendu org.jmol.g3d pour un rendu 3D à hautes performances de molécules sans support matériel (MTH)
• Architecture et implémentation des structures de données du noyau de org.jmol.viewer (MTH)
• Architecture et implémentation du support pour les structures secondaires des protéines (MTH)
• Réarchitecture et réimplémentation du système d'e/s fichier (MTH)
• Architecture de l'api org.jmol.api.JmolAdapter pour séparer les accès fichiers du rendu graphique (MTH)
• A écrit org.jmol.adapter.smarter.Resolver pour fournir une identification automatique des types de fichiers (MTH)
• Implémentation de la plupart des types de fichiers pour org.jmol.adapter.smarter, y compris xyz, mol, pdb, cif/mmCif, gaussian, jaguar, shelx, etc. (MTH)
• A écrit la libraire JavaScript Jmol.js pour faciliter le développement d'applications web. (MTH)
• A écrit le mécanisme JmolAppletControl pour supporter les navigateurs sans JavaScript (MTH)
• A étendu et assuré la portabilité du noyau JmolApplet sur des navigateurs web avec Java 1.1, y compris Netscape 4.7 et Internet Explorer à la fois sous Win32 et Mac OS 9 (MTH)
• CmlReader, CdkModelAdapter, intégration de cdk, wiki, administration générale du projet (EW)
• A fourni un support significatif et des tests dans les domaines de définition de polymères, développement d'application web, JavaScript et portabilité Mac OS X. (TD)
• Traduction française, nettoyage du code, JavaDoc, readers (NV)
• Mécanisme AtomSetChooser, amélioration du reader Gaussian, implémentation du reader NWChem (RK)
• Assistance dans les domaines de modèles multiple, insertion de codes, définition de polymères, test de l'applet (JR)
• wiki.jmol.org (OS)
• Tutoriel interactif du langage de script, test de l'applet (RH)

jmol-9

• Architecture de plugin mise en place pour les plugins CDK. (EW)
• Correction d'anomalies d'E/S (clôture de #783663, #823957 et #826934) (EW)
• Correction de la cible run dans le build.xml Ant. (EW)
• Ajout d'un retour sur l'utilisation mémoire dans la barre d'état. (EW)
• Ajout de la lecture/écriture du format HIN (HyperChem) (RG)
• Ajout d'un bouton aide dans la fenêtre de script. (EW)
• Ajout d'un élément licence dans le menu d'aide. (EW)
• Correction du calcul d'angles des cellules unitaires dans la boîte de propriétés de cristal (clôture de #865393 et #863644). (EW)
• Correction de la lecture des angles des cellules unitaires des fichiers ShelX. (EW)

jmol-8

• Détection plus fexible des fichiers MDL mol, permettant aussi v2000 avec des minuscules. (EW)
• Décompression automatique des fichiers gzippés (MTH)
• Documentation corrigée pour indiquer que J2SE 1.4 est requis (clôture de #69822). (EW)
• Historique des commandes de script implémenté (AS)
• Problème de ReaderFactory buffer.reset() corrigé (clôture de #799963) (MTH)
• Lecture des données cristal de style CML (clôture de #792091) et détection des fichiers CML sans déclaration XML corrigés. (EW)
• Fichiers récents réparés, double clic pour sélectionner ajouté, titre de la fenêtre corrigé (MTH)
• Option --help ajoutée à la ligne de commande; (EW)
• JmolAppletProxy ajouté pour permettre aux applets de récupérer des fichiers distants. (MTH)
• Traduction chinoise de l'IHM ajoutée. (CPY)
• Lecture CIF/mmCIF ajoutée avec fonctions minimales. Lit les paramètres des cellules unitaires et les coordonnées atomiques mais pas les opérations de symétrie spatiale de groupe (seul P1 correctement). (EW)

jmol-7

• Réimplémentation de l'algorithme de création des liens en utilisant BST. (MTH)
• Lecture VASP ajoutée. (FD)
• Lecture Gaussian 03 ajoutée. (JRK)
• Lecture des fréquences dans les fichiers de sortie Jaguar 4.2.77 corrigée (anomalie #749430). (EW)
• Lecture des fréquences dans les fichiers de sortie AcesII corrigée (anomalie #740967). (EW)
• Nouvelle fenêtre option ajoutée (fonction #743640). (CR2)
• Lecture de certains fichiers de sortie ABINIT corrigée (fonction #746494). (FD)
• Quelques JavaDoc corrigés. (EW)

jmol-6

• Réimplémentation du dessin avec support de la profondeur de la perspective et amélioration des performances. (MTH)
• Classes d'E/S déplacées dans package séparé. (EW)
• Classes de dessin déplacéles dans dans un package séparé. (MTH)
• Jmol se base maintenant sur CDK (Kit de Développement de Chimie). (EW)
• Traduction espagnole ajoutée. (MTH)
• La vitesse d'affichage peut être affichée en millisecondes et en images par seconde. (EW)
• Réimplémentation de la fonctionnalité de script avec support pour la plupart des commandes de script RasMol/Chime. (MTH)

jmol-5

• Jmol internationalisé et traduction hollandaise ajoutée. (EW)
• Correction de la lecture de certains fichiers MOPAC 2002. (Fichiers sans ligne blanche après les coordonnées.) (BS)
• Correction de la lecture de gros fichiers PDB. Les modèles multiples sont lus dans des trames séparées. (BS)
• Lecture des types d'atome PDB améliorée en utilisant l'élément des deux premières colonnes du nom de l'atome. (BS)
• Suppression temporaire de l'analyse défectueuse des champs CONECT par lecteur PDB. Une fois corriée, cette fonction sera réactivée. (BS)
• La boîte dialogue cristal et la visualisation des cellules unitaires a été ajoutée. (FD)
• Lecture des données d'énergie ABINIT ajoutée. (FD)
• Lecture des fichiers ShelX97 contenant une structure cristalline ajoutée. (EW)
• Translation de l'IHM Jmol en espagnol. (MTH)
• PropertyGraph corrigé. Les données ne sont plus dupliquées à la réouverture de la boîte de dialogue et les données du fichier précédent sont effacées à l'ouverture d'un nouveau fichier. (EW)
• NullPointerException corrigé à la suppression d'un atome, ainsi que l'anomalie pour savoir si le ChemFrameRenderer doit mettre à jour son cache. (EW)

jmol-4

• Lecture des fichiers MOPAC 97 et 2002. Auparavant, seuls les fichiers MOPAC 7 marchaient. (BS)
• Jmol peut maintenant lire des fichiers non-CML avec la commande "jmol <nom_fichier>". (fonction #555462). (EW)
• Le lecteur PDB lit maintenant les champs CONECT et met en oeuvre la perception de l'ordre des liens de Rasmol. (EW)
• Les atomes peuvent être coloriés en fonction de leur charge atomique partielle (fonction #552476) (EW)
• Ajout du lecteur ABINIT. (FD)
• Export PDF. (fonction #533212) (BS)

jmol-3

• Export d'images BMP et PNG. (CR)
• Dessin de liens multiples. (BS, JJ)
• Ajustement des têtes de flèches des vecteur par importance qui montre les vecteurs significatifs plus clairement. (BS)
• Anomalies 547574 et 548591 corrigées. (BS)
• Echelle variable de la longueur de vecteur de -2.0 à 2.0 fois la longueur. (BS)
• Import des fichiers Ghemical MM. (EW)
• Détermination automatique du type de fichier utilisé pour toute lecture de fichiers. (BS)

jmol-2

• Nouvelle license LGPL.
• Interface simplifiée en combinant barre d'outils et suppression des menus non implémentés. (BS)
• Interface POV-Ray amélioée. (MM)
• Dessin des vecteurs corrigé. (BS)
• Lecture de fichier MDL. (JJ)
• Lecture de certains fichiers GAMESS et Dalton corrigée. (anomalie #529999)
• Mise à jour majeure de l'import CML.

jmol-1.2

• Séparateur de ligne pour la sortie XYZ corrigé. (anomalie #519101)
• Ajout d'une sortie PDB rudimentaire. (anomalie #519100)

jmol-1.1

• Version de correction d'anomalies
• Lecture PDB corrigée. (anomalie #496332)
• Script jmol corrigé pour fonctionner sous Solaris. (anomalie #425925)
• Contournement ajouté pour Jmol précompilé sous Solaris. (anomalies #426229, #508364)
• Boucles infinies retirées. (anomalie #426679)
• Problème de réglage de type de fichier corrigé
• Bouton annuler ajouté à la fenêtre FichiersRécents.
• Le calcul des liens est maintenant réellement ?setable?. (anomalie #431146)

jmol-1

• Lecture des fichiers de sortie de Jaguar, Dalton, MOPAC et Gaussion 90/95. (BS)
• Développement déplacé sur SourceForge.net
• Nouveau système de versionnement.
• Maintenance

jmol-0.6.1

• Beaucoup de corrections d'anomalies mineures (DG)
• Avancement sur JmolApplet (TG,BS)
• JmolFileFilter (TG)
• Correction d'anomalie dans Animer (DG)
• L'écran d'accueil a une ligne d'état (TG)
• DisplaySettings plus utilisé en tant que static (BS)
• CMLReader remplace CMLFile (BS)
• Moins de dépendances sur la propriété jmol.home (BS)

jmol-0.6

• Nouvelle architecture ChemFileReader/ReaderFactory (BS)
• Peut maintenant lire des fichiers des programmes de chimie suivants: GAMESS, Gaussian92, Gaussian94, Gaussian98, Amsterdam Density Functional (ADF), Advanced Concepts in Electronic Structure II (ACES2) (BS)
• Animation des Vibrations du Mode Normal pré-calculées par la commande Extras -> Faire Vibrer (BS)
• Architecture totalement nouvelle pour les mesures distance, angle et dihédral (DG)
• Choix d'animation plus lisse en utilisant des images interpolées (EW)
• Choix code et menu rotation Fil de Fer (TG,DG)
• Console Jmol pour capturer stdout et stderr (CF,BS)
• DisplaySettings sorti de diverses classes dans une seule classe (BS)
• Séparation de la fonction AtomType dans BaseAtomType (BS)
• Classes de test pour diverses autres classes (BS)

jmol-0.5

• Nombreuses correction de petites anomalies. (DG)
• Les classes FileSaver, XYZSaver et CMLSaver sont nouvelles. Vous pouvez maintenant sauver la structure courant au format XYZ ou CML. (DG,EW)
• Le nom de package est maintenant org.openscience.jmol. (DG)
• Modification des routines d'analyse CML pour utiliser le nouveau CML-1999-05-15.dtd (EW)
• La détermination du DTD permet d'inclure le DTD actuel dans le fichier jar. (DG)
• Réécriture des routines d'E/S de fichier. Elles implémentent toutes ChemFile maintenant. (DG)

jmol-0.4

• Jmol peut maintenant analyse des fichiers Chemical Markup Language (CML) grâce à E.L. Willighagen (EW)
• Beaucoup de modifications internes dans les classes de support d'AtomType JTable pour revenir en arrière sur certaines décisions stupides précédentes. (DG)
• AtomTypeTable stocke maintenant l'information AtomType comme resource (DG)
• Modifications dans les en-têtes AtomTypeTable pour supporter les en-têtes sur plusieurs lignes (DG)
• StatusBar est maintenant un groupe de JLabels qui affiche plus d'informations utiles (DG,CS)
• Swing 1.1.1 Beta 2 (textes HTML si vous voulez les utiliser) (DG)

jmol-0.3

• PhysicalProterties (Charges, NMRShieldings, Vectors, etc.) peuvent être fixées par les lecteurs de fichier. Christoph Steinbeck a demandé ceci initialement quand il a écrit GaussianFile. C'était une bonne idée, et valait le coup d'une réécriture complète. (DG)
• Swing 1.1.1 Beta 1 (corrige certaines anomalies ennuyeuses pour les utilisateurs de Java 1.1) (DG)
• La classe GaussianFile a été mise à jour pour lire les fichiers Gaussian en général (pas seulement G98) et pour calculer automatiquement les déplacements chimiques en utilisant les valeurs ab initio du déplacement chimique du ?silane tétramethyl?. (CS)
• Quelques corrections d'anomalies. (DG)
• Liens ombrés qui ressemblent à des cylindres. En fait, ils ressemblent au moins un peu plus à des cylindres. Des bouts seraient une adjonction sympathique, mais j'ai été un peu occupé ces temps-ci. (DG)
• Les accessoires FileType et ImageType pour JFileChooser rendre le choix des types de fichiers plus pratique qu'en utilisa,t juste le filtre sur le nom de fichier. Ces classes ont été réorganisées après que la version 0.2 ait été livrée. Ils surveillent aussi le JFileChooser pour essayer de déterminer le type de fichier que vous avez sélectionné (seulement si UserFileExtensions est activé). (DG)

jmol-0.2

• Beaucoup de modifications internes.
• Jmol a été déplacé sur un nouveau site. J'ai travaillé sur un site web appelé "The OpenScience Project", et j'ai enregistré le domaine pour celui-ci, ainsi Jmol est le premier projet logiciel hébergé à www.openscience.org (DG)
• Christoph Steinbeck a contribué à a un nouveau filtre d'entrée pour les fichiers de log Gaussian 98, Christoph Steinbeck contributed a new input filter for complet avec un analyseur pour les déplacements chimiques NMR. (CS)
• Les lecteurs de fichiers dérivent maintenant d'une classe ChemFile plus générale (mais très simple). Ceci devraint rendre l'ajout de nouveaux lecteurs plus facile. (DG)
• La sélection du Type de Fichier ne dépend plus de l'extension du fichier. Vous pouvez sélectionner un fichier "*.jnk" et dire explicitement à Jmol de quel type de fichier il s'agit à l'ouverture du fichier. (DG)
• Il y a une étrange interaction entre fillPolygon en jdk1.2 et le serveur X sous Solaris x86. (Et les cercles sous jdk1.2 semblent grumeleux sur beaucoup d'architectures.) J'ai bâti un contournement dans Jmol qui implique de parler directement à l'objet Graphics2D à la base du panneau d'affichage pour régler certains paramètres de dessin. Ce contournement à le bénéfice de faire des images vraiments belles quand vous voulez de la haute qualité (mais plus lent). Si vous avez jdk1.2, activez AntiAliasing dans les Options pour voir la différence. Un effet de bord malheureux est que vous avez maintenant besoin des classes du jdk1.2 pour compiler (mais non exécuter) Jmol. (DG)
• Un encodeur Jpeg a été ajouté. Le JpegEncoder et ses classes associées sont Copyright (c) 1998, James R. Weeks et BioElectroMech. Ce logiciel est basé en partie sur le travail du Independent JPEG Group. (DG)
• Le processus de construction utilise maintenant un Makefile. (DG)
• Le Makefile peut maintenant créer les javadocs du code source. (HG)

jmol-0.1.1

• Suppression du double-buffering qui vient du fait de ne pas avoir compris que les composants Swing sont automatiquement double-bufferisés. Le résultat est une amélioration substantielle des performances. (DG)
• Correction d'une bizarreire de profondeur dans les tailles des atomes dessinés. (DG)
• Correction des liens pour qu'ils soient dessinés de manière plus réaliste quand la molécule est tournée. Les bouts des liens sont en cours. (DG)
• Réordonnancement des boutons de la barre d'outils et ajout d'un bouton pour les déformations de molécule qui fera par la suite quelque chose d'utile. (DG)

jmol-0.1

• Il y a de nouvelles fonctions majeures, le numéro mineur de version a donc été incrémenté. (DG)
• Les Types d'Atome sont maintenant éditables en utilisant "Propriétés d'Atome" dans le Menu Edition. Ceci a nécessité l'ajout de gros morceaux de code d'interface pour la JTable, l'édition de cellule et le tri des colonnes. Les type d'atome édités sont sauvé dans le répertoire .jmol dans le répertoire racine de l'utilisateur. (DG)
• La fenêtre des Options sauve les options dans le répertoire .jmol dans le répertoire racine de l'utilisateur. (DG)
• Réorganisation des classes dans un fichier jar. (DG)
• Un mécanisme de sélection d'atome fonctionne. (DG)
• Réorganisation des sources: BondTypeTable disparaot; BondType est remplacé par Bond. Beaucoup d'autres modifications pour les nouveau AtomTypeTable. (DG)
• Petit écran d'accueil bête, mais le démarrage semble plus rapide quand quelquechose est affiché presque tout de suite.
• Il y a un élément "Face" dans le menu Vue. Les actions du menu Vue ne sont pas encore intuitives, elles changeront donc dans une future version. Ne vous y habituez pas. (DG)
• Il y a un nouveau bouton "avance rapide" dans la fenêtre Animer qui amène l'animation è la dernière image. (DG)
• Les boutons Rembobiner, Avance Rapide, Suivant, Précédent dans la fenêtra Animer arrêtent l'animation quand ils sont pressés. (DG)
• Version de Swing incrémentée à 1.1

jmol-0.0.4

• On utilise swing-1.1beta3, avec tous les changements de nom de package associé de com.sun.java.swing vers javax.swing (DG)
• Correction d'une anomalie dans le script jmol.bat (DG)
• L'élément "Les Nouveautés" dans le menu "Aide" affiche le contenu de ce fichier (DG)
• sous-répertoire "doc", vide pour l'instant, mais c'est l'intention qui compte (DG)

jmol-0.0.3

• Des encodeurs d'image avec la permission de Jef Poskanzer ont été utilisés pour exporter des fichiers GIF et PPM (DG)
• Nouveau Menu "Affichage" avec des sous-menus pour atomes, liens et textes (DG)
• De nouveaux icônes avec la permission de Dean Jones ont été utilisés chaque fois que possible (DG)

jmol-0.0.2

• Etiquette d'Atome (DG)
• Lecture de fichier XYZ multi-trame (DG)
• Animation (DG)
• Fenêtre Options (DG)

jmol-0.0.1

• Tout (DG)
• Liens QuickDraw (MB)
• Lecture de fichier XYZ simple-trame (DG)