Jmol Changes

Veranderingen:

Medewerkers:

MTH = Miguel Howard (miguel@jmol.org)
EW = Egon Willighagen (egonw@sci.kun.nl)
TD = Tim Driscoll (driscoll@molvisions.com)
NV = Nicolas Vervelle (nvervell@club-internet.fr)
ST = Simon Tyrrell (smt40@cam.ac.uk)
OS = Oliver Stuker (revilo@oc38.uni-paderborn.de)
RK = Rene Kanters (rkanters@richmond.edu)
RH = Bob Hanson (hansonr@stolaf.edu)
JR = Jan Reichert (jr@imb-jena.de)
FD = Fabian Dortu (fabian.dortu@wanadoo.be)
BS = Bradley A. Smith (bradley@baysmith.com)
DG = Dan Gezelter (gezelter@openscience.org)
CS = Christoph Steinbeck (steinbeck@ice.mpg.de)
TG = Tom Grey (t.grey@ic.ac.uk)
CF = Charles Fulton (fultoncr@ucarb.com)
MB = Mike Beachy (beachy@alum.mit.edu)
HG = Hugo Garcia (elhugo@objectchemistry.org)
MM = Matthew Meinek (mmeineke@nd.edu)
JJ = Jochen Junker (jochen.junker@yale.edu)
CR = Christian Ribeaud (christian.ribeaud@genedata.com)
JRK = Jonathan C. Rienstra-Kiracofe (jrienst@emory.edu)
CR2 = Carl Resnikoff (carl@resnikoff.net)
AS = Agustí Sánchez (asanc@users.sourceforge.net)
CPY = Chih-Peng Yang (cpyang@siraya.net)
RG = Rajarshi Guha (rxg218@psu.edu)
TIM = Tache Ionut Madalin (madalin@notme.org)
FL = Friedmann Lívia (semper_fi@galamb.net)
IS = Ivo Sarak (ivo@vendomar.ee)
CPN = Clodoaldo Pinto Neto (clodoaldo.pinto@gmail.com)
PV = Peter Vanwing (gagaman@gmail.com)
AH = Angel Herráez (angel.herraez@uah.es)
TOHW = Toby White (tow21@cam.ac.uk)

jmol-10.??

Altered CmlReader.java adapter to allow cml input to applet by reading DOM nodes from the browser. (TOHW)
CdkJmolAdapter grotendeels afgewerkt: PDB eigenschappen worden nu ondersteund, en ChemSequence/ChemModel is gemapped naar AtomSetCollection/AtomSet. (EW)
Toevoeging van het lezen van input structuren uit Mopac bestanden. (EW)
Toevoeging van Folding@Home (folding.stanford.edu) current.xyz bestandlezer. (NV)
Toevoeging ondersteuning Unicode in scripts. (MTH)
Toevoeging rendering van mesh oppervlaktes.
Toevoeging rendering van polyhedrals. (MTH)
Toevoeging Klik-en-sleep ondersteuning in de applicatie voor JVM 1.5 en hoger. (ST)
Toevoeging DADMLBrowser plugin die het mogelijk maakt om chemische informatie van internet te halen door queries en URIs zoals dadml://any/pdbid?1CRN. (EW)
Toevoeging ondersteuning voor Spartan '04 smol bestanden. (EW)
Toevoeging substructuren-commando voor SMILES patroonovereenkomst. (NV)
Nederlandse, Estlandse, Hongaarse, Portugese, Roemeense vertaling van de Folding@Home pagina. (PV,IS,FL,CPN,TIM)
Spaanse vertaling van de applicatie, de applet en de website. (AH)
Estlandse vertaling van de applicatie en de applet. (IS)

jmol-10

Rearchitectuur en reimplementatie van de Jmol kern (MTH)
Ontwerp en implementatie org.jmol.g3d grafische rendering engine voor hoge kwaliteit 3D rendering van moleculen zonder speciale hardware (MTH)
Ontwerp en implementatie org.jmol.viewer kerndata structuren (MTH)
Ontwerp en implementatie ondersteuning voor secundaire proteïnestructuren (MTH)
Herontwerp en herimplementatie bestands-IO systeem (MTH)
Ontwerp org.jmol.api.JmolAdapter API ter onderscheiding bestands-IO van grafische rendering (MTH)
Schrijven van org.jmol.adapter.smarter.Resolver voor automatische identificatie van bestandstypes (MTH)
Implementatie van de meeste bestandstypes in org.jmol.adapter.smarter, inclusief xyz, mol, pdb, cif/mmCif, gaussian, jaguar, shelx, enz. (MTH)
Schrijven van Jmol.js JavaScript bibliotheek om ontwerp van webapplicaties te vereenvoudigen. (MTH)
Schrijven van JmolAppletControl-mechanisme ter ondersteuning van browsers zonder JavaScript (MTH)
Uitbreiding en ondersteuning van kern JmolApplet voor browsers met Java 1.1, inclusied Netscape 4.7 en Internet Explorer in zowel Win32 als Mac OS 9 (MTH)
CmlReader, CdkModelAdapter, cdk integratie, wiki, algemene projectadministratie (EW)
Aanzienlijke ondersteuning en testen in de polymeer-definities, webapplicatie-ontwikkeling, JavaScript, en Mac OS X ondersteuning. (TD)
Franse vertaling, opkuis code, JavaDoc, lezers (NV)
AtomSetChooser mechanisme, verbeterde Gaussian lezer, implementatie van NWChem lezer (RK)
Ondersteuning van meervoudige modellen, codes, polymeer-definities, testen van de toepassing (JR)
wiki.jmol.org (OS)
Interactieve scripting gids, testen van de toepassing (RH)

jmol-9

Starten van een plugin architectuur voor CDK plugins. (EW)
Herstel van enkele IO fouten (#783663, #823957 en #826934) (EW)
Herstel startdoel in Ant build.xml. (EW)
Toevoegen feedback van geheugengebruik in de statusbalk. (EW)
Toevoeging lezer en schrijver voor het HIN (HyperChem) formaat (RG)
Toevoeging helpknop in scriptvenster. (EW)
Toevoeging licentieknop in help menu. (EW)
Herstel berekeningen van eenheid cell angles in het crystal-eigenschappen venster (#865393 en #863644). (EW)
Herstel lezen van eenheid cell angles uit ShelX bestanden. (EW)

jmol-8

Detectie van MDL mol bestanden verbeterd, v2000 met kleine letters nu ook toegestaan. (EW)
Auto-decompressie van gzipped bestanden. (MTH)
Correctie documentatie: J2SE 1.4 is vereist (#769822). (EW)
Implementatie van een script commando geschiedenislijst. (AS)
Herstel ReaderFactory buffer.reset() probleem (#799963) (MTH)
Herstel lezen van CML2 kristal-data (#792091), en detectie van CML bestanden zonder XML declaratie. (EW)
Herstel Recente Bestanden-lijst, toevoeging dubbelklik om te selecteren, herstel titel. (MTH)
Toevoeging van --help in de CLI. (EW)
Toevoeging JmolAppletProxy om applets bestanden op afstand te kunnen oproepen. (MTH)
Toevoeging Chinese GUI vertaling. (CPY)
Toevoeging CIF/mmCIF lezer met minimale mogelijkheden. Leest eenheid celparameters, en atomische co�rdinaten, maar geen 'space group symmetry' handelingen mogelijk. (EW)

jmol-7

Herimplementatie van 'rebonding' algorithme d.m.v. BST. (MTH)
Toevoeging VASP lezer. (FD)
Toevoeging Gaussian 03 lezer. (JRK)
Herstel lezen van frequenties in Jaguar 4.2.77 bestanden (#749430). (EW)
Herstel lezen van frequenties in AcesII bestanden (#740967). (EW)
Toevoeging nieuw venster-optie (#743640). (CR2)
Herstel lezen van ABINIT bestanden (#746494). (FD)
Herstel van JavaDoc. (EW)

jmol-6

Herimplementatie van rendering met perspectieve diepte-ondersteuning en prestatieverbeteringen. (MTH)
Verplaatsen IO-klassen in aparte pakketten. (EW)
Verplaatsen rendering-klassen in aparte pakketten. (MTH)
Jmol is nu gebasseerd op CDK (Chemistry Development Kit). (EW)
Toevoeging Spaanse vertaling. (MTH)
Weergavesnelheid kan weergegeven worden in milliseconden en frames per seconde. (EW)
Herimplementatie van scripting functies met ondersteuning voor de meeste RasMol/Chime scripting commando's. (MTH)

jmol-5

Internationalisatie van Jmol door toevoeging Nederlandse vertaling. (EW)
Herstel lezen van MOPAC 2002 bestanden. (BS)
Herstel lezen van grote PDB bestanden. Meervoudige modellen worden in aparte frames ingelezen. (BS)
Verbetering lezen van PDB atoomtypes door gebruik van eerste 2 kolommen van de atoomnaam. (BS)
Tijdelijke verwijdering van foute verwerking tijdens ontleding CONECT velden door PDB-lezer. Eenmaal hersteld zal de optie terug ingebouwd worden. (BS)
Kristal-eigenschappen dialoogvenster en eenheden celvisualisatie werden toegevoegd. (FD)
ABINIT energie data lezer werd toegevoegd. (FD)
Toevoeging lezer ShelX97 bestanden die kristalstructuren bevatten. (EW)
Vertaling Jmol GUI in het Spaans. (MTH)
Herstel van PropertyGraph. Data wordt niet langer gedupliceerd bij het heropstarten van het dialoogvenster en probleem van verwijdering data uit vorig bestand bij openen nieuw bestand werd opgelost. (EW)
Herstel NullPointerException in verwijderen van atoom, en een fout in het bepalen van de ChemFrameRenderer zou nu z'n cache moeten verversen. (EW)

jmol-4

Lezen van MOPAC 97 en 2002 bestanden. Vroeger werkten enkel MOPAC 7 bestanden. (BS)
Jmol kan nu bestanden die niet in CML werden opgesteld lezen met het commando "jmol <filename>". (#555462). (EW)
De PDB lezer ontleedt nu ook CONECT velden en implementeert Rasmol's perceptie van 'bond orders'. (EW)
Atomen kunnen worden ingekleurd met hun gedeeltelijke atomische kracht. (#552476) (EW)
Toevoeging van een ABINIT lezer. (FD)
PDF exportering. (#533212) (BS)

jmol-3

Exportering van BMP en PNG. (CR)
Rendering van meervoudige bonds. (BS, JJ)
Schalen van 'vector arrowheads' met vergrotingsfactor , zodat grote vectoren beter zichtbaar zijn. (BS)
Herstel fouten 547574 en 548591. (BS)
Wijzigbaar schalen van vectorenlengtes vanaf -2.0 tot 2.0. (BS)
Mogelijkheid tot importeren van Ghemical MM bestanden. (EW)
Automatische bestandstypebepaling bij het inladen van alle bestanden. (BS)

jmol-2

Licentie gewijzigd naar LGPL.
Vereenvoudiging interface door werkbalken te combineren en enkele menu items te verwijderen. (BS)
Verbetering interface met POV-Ray. (MM)
Herstel vectoren rendering. (BS)
MDL bestandslezer. (JJ)
Herstel lezen van GAMESS en Dalton bestanden. (#529999)
Grote update in het binnenhalen van CML.

jmol-1.2

Herstel regelonderscheiding voor XYZ exportering. (#519101)
Toevoeging rudimentaire PDB export. (#519100)

jmol-1.1

Bugfix release
Herstel PDB lezer. (#496332)
Herstel jmol script zodat ze werkt op Solaris computers. (#425925)
Toevoeging omzeiling voor reeds gecompileerde Jmol-applicatie op Solaris computers. (#426229, #508364)
Verwijderen van oneindige lussen. (#426679)
Herstel problemen met eigenschappen van bestandstypes
Toevoeging annuleerknop aan RecentFiles dialoogvenster
'Bond' berekening is nu instelbaar. (#431146)

jmol-1

Leest exportbestanden van Jaguar, Dalton, MOPAC, en Gaussian 90/95. (BS)
Mutatie ontwikkeling naar SourceForge.net
Gebruik van nieuwe versie schema software
Onderhoud

jmol-0.6.1

Vele kleine herstellingen (DG)
Vooruitgang op JmolApplet (TG,BS)
JmolFileFilter (TG)
Herstellingen in Animate (DG)
Introscherm heeft nu een statuslijn (TG)
DisplaySettings niet langer statisch in gebruik (BS)
CMLReader vervangt CMLFile (BS)
Minder afhankelijkheden voor jmol.home (BS)

jmol-0.6

Nieuwe ChemFileReader/ReaderFactory architectuur (BS)
Inlezen van bestanden uit deze programma's is nu mogelijk: GAMESS, Gaussian92, Gaussian94, Gaussian98, Amsterdam Density Functional (ADF), Advanced Concepts in Electronic Structure II (ACES2) (BS)
Animatie van vooraf berekende Normale Mode Vibraties via het Extras -> Vibratie commando (BS)
Compleet nieuwe afstand, hoek, end dihedraal berekening architectuur (DG)
Keuze voor vloeiendere animatie door gebruikt van 'interpolated frames' (EW)
Wireframe rotatie code en menukeuzes (TG,DG)
Jmol console om stdout en stderr vast te kunnen leggen (CF,BS)
DisplaySettings in één enkele klasse ondergebracht (BS)
Splitsing van AtomType functie naar BaseAtomType (BS)
Test van klassen voor verschillende andere klassen (BS)

jmol-0.5

Verschillende correcties. (DG)
FileSaver, XYZSaver en CMLSaver klassen zijn nieuw. De huidige structuur kan nu bewaard worden naar XYZ of CML formaat. (DG,EW)
Pakketnaam is nu org.openscience.jmol. (DG)
Wijzigingen in de CML ontledingroutines gebruiken nu CML-1999-05-15.dtd (EW)
De DTD resolver laat het toe de huidige DTD in het jar bestand in te werken. (DG)
Herschrijven van bestands-I/O routines. Ze implementeren nu allemaal ChemFile. (DG)

jmol-0.4

Jmol kan nu Chemical Markup Language (CML) bestanden ontleden, met dank aan E.L. Willighagen (EW)
Vele interne wijzigingen in AtomType JTable, klassen die enkele verkeerde beslissingen uit het verleden corrigeren. (DG)
AtomTypeTable bewaart nu de AtomType informatie als een bron (DG)
Wijzigingen in AtomTypeTable hoofding ondersteunt nu hoofdingen van meerdere regels (DG)
Status Bar is nu een 3 delige set van JLabels die meer zinvolle informatie weergeven (DG,CS)
Swing 1.1.1 Beta 2 (HTML labels, indien we ze kunnen gebruiken) (DG)

jmol-0.3

PhysicalProperties (Charges, NMRShieldings, Vectors, etc.) kan ingesteld worden door de bestandslezers. Christoph Steinbeck heeft hierom gevraagd toen hij GaussianFile schreef. Het was een goed idee en was de uitgebreide herprogrammering waard. (DG)
Swing 1.1.1 Beta 1 (herstelt enkele vervelende fouten voor de Java 1.1 gebruikers) (DG)
De GaussianFile klasse werd upd to date gebracht om algemene Gaussian bestanden in de lezen (niet enkel G98) en om automatisch chemische shifts te berekenen door het gebruik van opgeslagen ab initio waarden voor tetramethyl silane's shiften. (CS)
Herstel van fouten. (DG)
'Shaded bonds' die op cylinders lijken. Ze lijken in ieder geval op cylinders... (DG)
FileTyper en ImageTyper accessoires voor JFileChooser zorgen ervoor dat bestandstypes kiezen meer voor de hand ligt dan enkel de bestandsnaamfilter te gebruiken. Deze klassen werden ingebouwd nadat 0.2 reeds werd uitgebracht. Ze luisteren eveneens naar de JFileChooser als middel om na te gaan welk type bestand werd geselecteerd (enkel als UseFileExtensions werd ingesteld). (DG)

jmol-0.2

Vele interne wijzigingen.
Jmol heeft een nieuwe thuis. Ik heb gewerkt aan een website genaamd "The OpenScience Project", en heb een domeinnaam geregistreerd zodat Jmol het eerste softwareproject is dat kan teruggevonden worden op www.openscience.org (DG)
Christoph Steinbeck schreef een nieuwe input filter voor de Gaussian 98 logbestanden, compleet met een ontleder voor de NMR chemische shifts. (CS)
De bestandslezers werden nu als subklasse in een meer algemene (maar zeer eenvoudige) ChemFile klasse. Dit zou het toevoegen van meerdere bestandslezers moeten vereenvoudigen. (DG)
Selectie van het juiste bestandstype is niet langer afhankelijk van de extensie van het bestand. Je kan een "*.jnk" bestand selecteren en Jmol het type bestand manueel opgeven. (DG)
Er is een vreemde interactie tussen fillPolygon in jdk1.2 en de X server bij Solaris x86. (Circles onder jdk1.2 zien er ook vrij klonterig uit onder vele architecturen.) Ik heb hiervoor een omzeiling ingebouwd in Jmol, welke meteen interageert met het Graphics2D object in het weergavepaneel, zodat enkele Rendering tips kunnen worden voorgesteld. Deze omzeiling heeft het bijkomend voordeel dat ze enkele zeer mooie beelden kan geven als alles op een hoge kwaliteit wordt ingesteld (maar met een lagere snelheid). Indien je jdk1.2 hebt, zet dan de AntiAliasing in het Eigenschappen venster aan zodat je het verschil ziet. Een ongelukkig randverschijnsel is echter wel dat je nu de jdk1.2 klassen moet compileren (maar niet om Jmol te kunnen gebruiken). (DG)
Een Jpeg encoder werd toegevoegd. De JpegEncoder en zijn klassen staan onder het Copyright (c) 1998, James R. Weeks en BioElectroMech. Deze software is gebaseerd op het werd van de Independent JPEG Group. (DG)
Het Build proces gebruikt nu een Makefile. (DG)
De Makefile heeft de mogelijkheid om javadocs te creëren van de broncode. (HG)

jmol-0.1.1

Verwijdering van de extra dubbele-buffer, voortkomende uit de verwarring dat Swing componenten automatisch dubbel-bufferen. Dit leidde tot substantiële prestatieverbeteringen. (DG)
Herstel van enkele vreemde diepteverschijnselen in de te tekenen atomen. (DG)
Herstel van bonds zodat ze meer realistisch renderen wanneer de molecule wordt gedraaid. (DG)
Herordering in werkbalk knoppen en toevoeging van een knop voor molecule deformatie die uiteindelijk iets zinvol zal doen. (DG)

jmol-0.1

Er zijn enkele grote en nieuwe mogelijkheden, waardoor de kleine stijging in versienummer werd vergroot. (DG)
Atom Types zijn nu wijzigbaar in "Atom Properties" in het Bewerken menu. Er werd een grote brok interfacecode toegevoegd voor de JTable, cel wijzigingen en de kolom sortering. De gewijzigde atoomtypes worden opgeslagen in de .jmol map in de home map van de gebruiker. (DG)
Het instellingen dialoogvenster bewaart de info nu in de .jmol map in de home map van de gebruiker. (DG)
Reorganisatie van klassen in een jar bestand. (DG)
Een atoom selectiemechanisme werkt nu. (DG)
Reorganisatie van broncode: BondTypeTable is weg, BondType werd vervangen door Bond, samen met enkele wijzigingen aan AtomTypeTable. (DG)
Een eerste introscherm, die het opstarten sneller doet verlopen, aangezien er al iets verschijnt op het scherm voordat het programma is ingeladen.
Er is nu een "Vooraanzicht" item in het Beeld menu. De Beeld menuknoppen zijn nog niet intuïtief ingesteld. Ze zullen wijzigen in een volgende versie. (DG)
Er is een nieuwe "fast forward" knop in het Animatie dialoogvenster die de animatie naar het laatste frame brengt. (DG)
De Rewind, FastForward, Next, en Previous knoppen in het Animatie dialoogvenster stoppen de animatie nu wanneer één van de knoppen wordt ingedrukt. (DG)
Swing versie 1.1

jmol-0.0.4

Gebruik van swing-1.1beta3, met alle geassocieerde wijzigingen in pakketnamen van com.sun.java.swing naar javax.swing (DG)
Herstel fout in jmol.bat script (DG)
"Wat is er nieuw" menuknop in het "Help" menu geeft een dialoogvenster weer met de inhoud van dit bestand (DG)
"doc" submap, nu nog leeg, maar het is de gedachte die telt... (DG)

jmol-0.0.3

Beeldencoders (met dank aan Jef Poskanzer) werden gebruikt om GIF en PPM bestanden te kunnen exporteren (DG)
Nieuw "Beeld" Menu met submenus voor atomen, bonds en labels (DG)
Nieuwe iconen (met dank aan Dean Jones) werden gebruikt waar mogelijk (DG)

jmol-0.0.2

Atoom labels (DG)
Meervoudige frames voor lezen XYZ bestanden (DG)
Animatie (DG)
Voorkeuren dialoogvenster (DG)

jmol-0.0.1

Alles... (DG)
Polygon vertexes voor QuickDraw Bonds (MB)
Enkelvoudige frames voor lezen XYZ bestanden (DG)