List of changes to Jmol:

Contributors:

MTH = Miguel Howard (miguel@jmol.org)
EW = Egon Willighagen (egonw@sci.kun.nl)
TD = Tim Driscoll (driscoll@molvisions.com)
NV = Nicolas Vervelle (nvervell@club-internet.fr)
ST = Simon Tyrrell (smt40@cam.ac.uk)
OS = Oliver Stuker (revilo@oc38.uni-paderborn.de)
RK = Rene Kanters (rkanters@richmond.edu)
RH = Bob Hanson (hansonr@stolaf.edu)
JR = Jan Reichert (jr@imb-jena.de)
FD = Fabian Dortu (fabian.dortu@wanadoo.be)
BS = Bradley A. Smith (bradley@baysmith.com)
DG = Dan Gezelter (gezelter@openscience.org)
CS = Christoph Steinbeck (steinbeck@ice.mpg.de)
TG = Tom Grey (t.grey@ic.ac.uk)
CF = Charles Fulton (fultoncr@ucarb.com)
MB = Mike Beachy (beachy@alum.mit.edu)
HG = Hugo Garcia (elhugo@objectchemistry.org)
MM = Matthew Meinek (mmeineke@nd.edu)
JJ = Jochen Junker (jochen.junker@yale.edu)
CR = Christian Ribeaud (christian.ribeaud@genedata.com)
JRK = Jonathan C. Rienstra-Kiracofe (jrienst@emory.edu)
CR2 = Carl Resnikoff (carl@resnikoff.net)
AS = Agustí Sánchez (asanc@users.sourceforge.net)
CPY = Chih-Peng Yang (cpyang@siraya.net)
RG = Rajarshi Guha (rxg218@psu.edu)
TIM = Tache Ionut Madalin (madalin@notme.org)
FL = Friedmann Lívia (semper_fi@galamb.net)
IS = Ivo Sarak (ivo@vendomar.ee)
CPN = Clodoaldo Pinto Neto (clodoaldo.pinto@gmail.com)
PV = Peter Vanwing (gagaman@gmail.com)
AH = Angel Herráez (angel.herraez@uah.es)
TOHW = Toby White (tow21@cam.ac.uk)

jmol-10.??

• Modificate CmlReader.java adaptor pentru a permite LMC de intrare pentru a applet-ul de lectură noduri DOM din browser. (TOHW)
• Finalizat o mare parte din CdkJmolAdapter: proprietăţile PPB sunt acum suportate, şi ChemSequence / ChemModel este mapat la AtomSetCollection / AtomSet. (EW)
• Adaugata lectură a structurilor de intrare de la fişiere Mopac. (EW)
• Adaugata Folding @ Home (folding.stanford.edu) current.xyz fişiere cititor. (NV)
• Adaugat suportul Unicode în script-uri. (MTH)
• Adaugata de redare a suprafetelor ochiurilor de plasă.
• Adaugata de oferire de polyhedrals. (MTH)
• Adaugata Drag-and-drop la cererea de JVM 1,5 şi mai bine. (ST)
• Adaugata plugin DADMLBrowser permite regăsirea de informaţii chimice de pe Internet prin interogări asupra indicilor şi URI-uri ca dadml:? / / Orice pdbid / 1CRN. (EW)
• Adăugat suport pentru fişiere smol spartan '04. (EW)
• Adaugata de comandă pentru infrastructura de potrivire de model SMILES. (NV)
• Olandeză, estonă, maghiară, portugheză, română traduceri de pagini web Folding @ home. (PV,IS,FL,CPN,TIM)
• Traducere spaniolă de aplicare, applet şi site-ul web. (AH)
• Traducerea în limba estoniană de aplicare şi Applet. (IS)

jmol-10

• Rearchitected şi reimplemented Jmol de bază (MTH)
• Proiectat şi implementat de redare grafica org.jmol.g3d motor de înaltă performanţă de randare 3D a moleculelor fără suport hardware (MTH)
• Proiectat şi implementat de bază structurile de date org.jmol.viewer (MTH)
• Sprijin proiectat şi implementat pentru structuri proteice secundar (MTH)
• Rearchitected şi reimplemented io fişiere de sistem (MTH)
• Org.jmol.api.JmolAdapter api proiectat pentru a separa fişier IO de la randarea grafica (MTH)
• A scris org.jmol.adapter.smarter.Resolver de a furniza identificarea automată a tipuri de fişiere (MTH)
• Pus în aplicare cele mai multe tipuri de fişiere în cadrul org.jmol.adapter.smarter, inclusiv xyz, mol, PPB, CIF / mmCif, gaussian, jaguar, shelx, etc (MTH)
• A scris Jmol.js bibliotecă JavaScript pentru a facilita dezvoltarea de aplicatii web. (MTH)
• A scris mecanism JmolAppletControl pentru a sprijini browsere fără JavaScript (MTH)
• Extinsă şi a asigurat portabilitatea JmolApplet de bază pentru a browserelor web cu Java 1.1, inclusiv Netscape 4.7 şi Internet Explorer pe ambele Win32 şi Mac OS (MTH)
• CmlReader, CdkModelAdapter, cdk integeration, wiki, generale ale proiectului de administrare (EW)
• Prestate de sprijin semnificative şi de testare în domeniile de definiţii polimer, dezvoltare de aplicatii web, JavaScript, şi Mac OS X portabilitate. (TD)
• Traducere franceză, de curatare cod, javadoc, cititorii (NV)
• AtomSetChooser mecanism, îmbunătăţit Gaussian cititor, puse în aplicare NWChem cititor (RK)
• Asistenţă în domeniile de mai multe modele, coduri de inserţie, definiţii polimer, testarea applet (JR)
• wiki.jmol.org (OS)
• Interactive scripting tutorial, testarea applet (RH)

jmol-9

• Activat o arhitectura plugin pentru plugin-uri CDK. (EW)
• A stabilit o serie de bug-uri IO (se închide # 783663, # 823957 şi # 826934) (EW)
• Ţintă fixă rula în Ant build.xml. (EW)
• Adăugat feedback-ul privind utilizarea de memorie la bara de stare. (EW)
• Adăugat cititor şi scriitor pentru HIN (HyperChem) format (RG)
• Adaugat pe butonul de ajutor într-o fereastră script. (EW)
• Adăugat element de licenţă în meniul de ajutor. (EW)
• Calcularea fix de unghiuri de celule unitate în caseta de proprietăţi cristal (se închide # 865393 şi # 863644). (EW)
• Lectură fix de unghiuri de celule unitate din fişierele ShelX. (EW)

jmol-8

• De detectare a făcut de lei mol fişiere mai flexibilă, permiţând V2000 cu litere mici prea. (EW)
• Auto-decomprima fişiere gzip. (MTH)
• Documentaţia rectificat să se constate că este necesară J2SE 1.4 (închide # 769822). (EW)
• Pus în aplicare o istorie comandă de script. (AS)
• Fix ReaderFactory buffer.reset () problema (se închide # 799963) (MTH)
• Lectură fix de date CML2 cristal stil (închide # 792091), precum şi detectarea de fişiere LMC fara declaratia XML. (EW)
• Fişiere Reparat recente, se adaugă dublu clic pentru a selecta, titlul fereastră fixe. (MTH)
• A adaugat un - opţiune ajuta la linia de comandă. (EW)
• Adaugata JmolAppletProxy pentru a permite applet-uri pentru a descărca fişiere de la distanţă. (MTH)
• Adaugata Traducere în chineză GUI. (CPY)
• Adaugata CIF / mmCIF cititor cu caracteristici minime. Citeste parametrii unitate de celule, şi coordonează atomice, dar nu spaţiu operaţiunilor de simetrie grup (P1 în mod eficient numai în mod corect). (EW)

jmol-7

• Reimplementare de rebonding algoritm folosind BST. (MTH)
• Adaugata VASP cititor. (FD)
• Adaugata Gaussian 03 cititor. (JRK)
• Lectură fixă de frecvenţe în fişierele de ieşire Jaguar 4.2.77 (problema # 749430). (EW)
• Lectură fixă de frecvenţe în fişierele de ieşire AcesII (bug # 740967). (EW)
• Adaugata fereastră nouă opţiune (facilitate # 743640). (CR2)
• Lectură fixă a unor fişiere de ieşire ABINIT (caracteristica # 746494). (FD)
• Imobilizate unele javadoc. (EW)

jmol-6

• Reimplementare de randare cu sprijin profunzime perspectivă şi îmbunătăţiri de performanţă. (MTH)
• Mutat clase IO în pachet separat. (EW)
• Mutat clase de redare în pachet separat. (MTH)
• Jmol se bazează acum pe CDK (chimie Development Kit). (EW)
• Adaugata traducere spaniolă. (MTH)
• Viteza de afişare pot fi afişate în milisecunde şi în cadre pe secundă. (EW)
• Reimplementare functinality de scripting, cu suport pentru cele mai multe comenzi de scripting RasMol / Chime. (MTH)

jmol-5

• Jmol internaţionalizate şi traducere adăugat olandeză. (EW)
• Fix pentru lectură unele dintre MOPAC 2002 fişiere. (Fişiere fără o linie necompletată după coordonatele.) (BS)
• Fix lectură de fişiere mari PPB. Mai multe modele sunt citite în frame-uri separate. (BS)
• Lectură îmbunătăţită a tipurilor de atom PPB prin utilizarea element din primele două coloane de nume de atom. (BS)
• Îndepărtarea temporară de defecte domenii CONECT parsarea de PPB cititor. Odată fixat, funcţia va fi restabilit. (BS)
• Crystal proprietăţi de dialog, şi unitatea de vizualizare de celule a fost adaugat. (FD)
• ABINIT energie citirea datelor, se adaugă. (FD)
• Adăugat cititor pentru ShelX97 fişiere care conţin o structură de cristal. (EW)
• Adăugat cititor pentru ShelX97 fişiere care conţin o structură de cristal. (MTH)
• Fix PropertyGraph. De date nu mai este duplicat pe redeschidere a dialogului şi a datelor de fişier anterior este şters la deschiderea unul nou. (EW)
• NullPointerException fixe în eliminarea atom, şi bug-uri în determinarea vreme ChemFrameRenderer ar trebui să actualizeze cache. (EW)

jmol-4

• Lectură de MOPAC 97 şi 2002 fişiere. Anterior, doar MOPAC 7 imagini lucrat. (BS)
• Jmol acum pot citi, de asemenea, fişiere în non-LMC cu comanda "jmol <numefişier>". (Caracteristica # 555462). (EW)
• Cititorul PPB acum analizează, de asemenea, domeniile CONECT şi pune în aplicare Rasmol percepţia lui a ordinelor de obligaţiuni. (EW)
• Atomii pot fi, de asemenea, acum colorate de taxa lor atomică parţială. (Caracteristica # 552476) (EW)
• Adăugare a unui cititor ABINIT. (FD)
• PDF export. (Caracteristica # 533212) (BS)

jmol-3

• Exportul de imagini BMP şi PNG. (CR)
• Rendering de obligaţiuni multiple. (BS, JJ)
• Scalarea de varfuri de sageti vector prin amploarea care prezinta vectorii semnificativ mai clar. (BS)
• Bug-uri fixe 547574 şi 548591. (BS)
• Scalarea reglabil de lungime vector -2.0 la 2.0 lungime de ori. (BS)
• Import de fişiere MM Ghemical. (EW)
• Automată tip de fişier utilizat pentru determinarea toate de încărcare a fişierelor. (BS)

jmol-2

• Relicensed ca LGPL.
• Interfaţă simplificată prin combinarea barelor de instrumente şi de eliminarea elementelor de meniu neimplementat. (BS)
• Interfaţă îmbunătăţită la POV-Ray. (MM)
• Imobilizate vector de redare. (BS)
• Lei fişier cititor. (JJ)
• Imobilizate lectură anumite GAMESS şi fişiere Dalton. (Bug # 529999)
• Majoră actualizare LGC de import.

jmol-1.2

• Separator de linie fixă de ieşire XYZ. (Bug # 519101)
• Adaugata de ieşire rudimentare PPB. (Bug # 519100)

jmol-1.1

• Bugfix de presă
• Imobilizate PPB lectură. (Bug # 496332)
• Script-ul fix Jmol pentru a lucra pe Solaris. (Bug # 425925)
• Adăugat soluţie alternativă pentru Jmol precompilate pe Solaris. (Bug-uri # 426229, # 508364)
• Eliminat bucle infinite. (Bug # 426679)
• Probleme fix cu setarea pentru tipul de fişier
• Adaugata buton pentru a anula dialog RecentFiles
• Calcul Bond este acum într-adevăr setable. (Bug # 431146)

jmol-1

• Citeşte fişiere de ieşire de la Jaguar, Dalton, MOPAC, 90/95 şi Gaussian. (BS)
• Dezvoltare migrat la SourceForge.net
• Noua schemă a versiunilor
• Întreţinere

jmol-0.6.1

• Minore multe rezolvări ale unor probleme (DG)
• Progresele în JmolApplet (TG,BS)
• JmolFileFilter (TG)
• Bug fix în Animarea (DG)
• Splash screen are acum o linie de stare (TG)
• DisplaySettings nu mai sunt folosite ca statice (BS)
• CMLReader înlocuieşte CMLFile (BS)
• Mai puţine dependenţe pe proprietatea jmol.home (BS)

jmol-0.6

• New ChemFileReader / ReaderFactory arhitectura (BS)
• Poate citi fisiere de pe acum cu următorul text ab initio cuantica programe de chimie: GAMESS, Gaussian92, Gaussian94, Gaussian98, Amsterdam Densitate funcţionale (ADF), Concepte avansate în Structura II electronice (ACES2) (BS)
• Animaţie de pre-calculate Vibraţiile Modul Normal, prin intermediul Extra -> comanda Vibrare (BS)
• Distanta cu totul nou, unghi, şi diedru arhitectura de măsurare (DG)
• Alegerea de animaţie lin folosind cadre interpolate (EW)
• Wireframe rotaţie alegeri şi meniul de cod (TG,DG)
• Jmol consolă pentru a captura stdout şi stderr (CF,BS)
• DisplaySettings mutat din diferitele clase şi într-o singură clasă (BS)
• Split, de funcţionalitate AtomType în BaseAtomType (BS)
• Clase de testare pentru clasele de diverse alte (BS)

jmol-0.5

• Numeroase stabileşte mici bug-uri. (DG)
• Clase FileSaver, XYZSaver şi CMLSaver sunt noi. Aveţi posibilitatea să salvaţi acum structura actuală fie XYZ sau formate LGC. (DG,EW)
• Numele pachetului este acum org.openscience.jmol. (DG)
• Modificările la rutine parsarea LMC de utilizare a LGC-1999-05-15.dtd nou (EW)
• DTD resolver care ne permite să încorporaţi actuale DTD în fişierul jar. (DG)
• Rescrie de fişier-I / O rutina. Ei pună în aplicare toate ChemFile acum. (DG)

jmol-0.4

• Jmol poate analiza chimică acum Markup Language (LMC), fişiere datorită EL Willighagen (EW)
• Multe dintre schimbările interne în clasele AtomType JTable de sprijin pentru a inversa unele decizii stupide, am facut de timpuriu. (DG)
• AtomTypeTable stochează informaţiile AtomType acum ca o resursă (DG)
• Modificări în anteturi AtomTypeTable pentru a sprijini anteturile mai multe linii (DG)
• StatusBar este acum un set de 3-la nivel de JLabels acest post mai multe informaţii utile (DG,CS)
• Swing 1.1.1 Beta 2 (etichete HTML daca vrem sa le folosim) (DG)

jmol-0.3

• PhysicalProperties (taxe, NMRShieldings, vectori, etc) pot fi setate de către cititorii fişier. Christoph Steinbeck a solicitat pentru această iniţial atunci când a scris GaussianFile. A fost o idee bună, şi a fost în valoare de rescriere extinse. (DG)
• Swing 1.1.1 Beta 1 (corectează unele bug-uri enervante pentru Java 1.1 utilizatorilor) (DG)
• Clasa GaussianFile a fost actualizat pentru a citi fisiere generale gaussian (nu doar G98), precum şi pentru a calcula automat schimbarile chimice folosind stocate ab initio valorile pentru schimbare chimice silan tetrametil lui. (CS)
• Unele repararea bug-urilor. (DG)
• Obligaţiuni rece care arata ca cilindri. Ei bine, cel puţin se uita un pic ca cilindri. Capace terminale ar fi un plus frumos, dar am fost un pic ocupat în ultima vreme. (DG)
• Accesorii FileTyper şi ImageTyper pentru JFileChooser face alegerea tipuri de fişiere mai sensibilă decât utilizarea doar filtrul de numele fişierului. Aceste clase au fost raţionalizate după 0.2 au fost deja eliberate. Ei asculta, de asemenea, să JFileChooser pentru a încerca să ghicească ce fel de fişier pe care tocmai aţi selectat (numai dacă UseFileExtensions este setat). (DG)

jmol-0.2

• Multe schimbari interne.
• Jmol sa mutat la o casă nouă. Am lucrat pe un site web numit "Proiectul OpenScience", şi au înregistrat un domeniu pentru aceasta, astfel încât Jmol este primul de proiecte software, care este găzduit la www.openscience.org (DG)
• Christoph Steinbeck contribuit cu un filtru de intrare nou pentru fişiere log Gaussian 98, complet cu un parser pentru ture chimic RMN. (CS)
• Cititorii fişier acum o clasa mai general (dar foarte simplu) de clasă ChemFile. Acest lucru ar trebui să facă adăugarea de cititori fişiere mai uşor. (DG)
• Selecţia de tip de fişier nu mai este dependentă de extensie a fişierului. Aveţi posibilitatea să selectaţi un "*. JNK" fişier şi spune în mod explicit Jmol ce fel de fişier este atunci când deschideţi fişierul. (DG)
• Există o interacţiune între ciudat fillPolygon în jdk1.2 şi serverul X sub Solaris x86. (Şi în cercurile jdk1.2 arata plin de cocoloaşe pe multe arhitecturi diferite.) Am construit o soluţie care implică în Jmol vorbesc direct la obiect Graphics2D care stau la baza panoul de afişare, pentru a seta unele indicii de redare. Acest ocolis are beneficiul de a face nişte poze foarte frumos atunci când se doreşte de înaltă calitate (dar viteza mai mica). Dacă aveţi jdk1.2, porniţi antialiasing în Preferinţe pentru a vedea diferenţa. Un efect secundar nefericit este că aveţi nevoie acum jdk1.2 clase pentru a compila (dar nu rula) Jmol. (DG)
• Un encoder Jpeg a fost adaugat. JpegEncoder şi clasele sale asociate sunt Copyright (c) 1998, James R. săptămâni şi BioElectroMech. Acest software se bazează în parte pe activitatea Independent JPEG Group. (DG)
• Construiţi proces foloseste acum un Makefile. (DG)
• Makefile are acum abilitatea de a crea javadocs a codului sursă. (HG)

jmol-0.1.1

• Eliminat suplimentare dublu-tampon, care a dus la înţelegerea faptului că nu sunt în mod automat componentele Swing dublu-buffered. Acest lucru a condus la îmbunătăţiri substanţiale de performanţă. (DG)
• Imobilizate unele ciudăţenia în profunzime dimensiunile atom trase (DG)
• Imobilizate obligaţiuni, astfel încât acestea fac mai realist ca molecula este rotit. Capace terminale pentru obligaţiunile sunt încă în curs de desfăşurare. (DG)
• Reorganizate pe butoanele barei de instrumente şi a adaugat un buton pentru deformări molecula care va face în cele din urmă ceva util. (DG)

jmol-0.1

• Există unele caracteristici majore noi, astfel încât numărul de versiune minor a fost incrementează. (DG)
• Tipuri de Atom sunt acum folosind editabile "Properties Atom", în meniul Edit. Aceasta a adăugat o mare parte din codul de interfaţă pentru a face editori JTable şi celule şi sortează coloană. Tipurile de editat atom sunt salvate în directorul. Jmol sub directorul acasă a utilizatorului. (DG)
• De dialog Preferences salvează acum meciului preferinţă in anuar. Jmol sub directorul acasă a utilizatorului. (DG)
• Reorganizarea de clase într-un fişier borcan. (DG)
• Un mecanism de selecţie atom este acum de lucru. (DG)
• Reorganizarea sursa: BondTypeTable este plecat, BondType este acum înlocuit de Bond. Multe alte schimbări pentru AtomTypeTable noi. (DG)
• Silly Splash ecran mic, dar se face de pornire simt mai rapid atunci când există ceva apărut pe ecran aproape imediat.
• Există acum o "faţă" element din meniul Vizualizare. Acţiunile meniul Vizualizare nu sunt intuitive încă, aşa că se va schimba într-o versiune viitoare. Nu ma obisnuiesc cu ele. (DG)
• Există un nou "fast forward" buton de dialog Animare care ia animaţie la ultimul cadru. (DG)
• Butoanele Derulare înapoi, FastForward, Next, şi anterioară în dialog Animare opri acum animaţie atunci când acestea sunt împinse. (DG)
• Versiune Swing incrementează la 1,1

jmol-0.0.4

• Acum, folosind swing-1.1beta3, cu toate modificările asociate numele pachetului de la com.sun.java.swing la javax.swing (DG)
• Fixed bug în jmol.bat script (DG)
• "Ce e nou" element de meniu din meniul "Ajutor" afişează un dialog cu privire la conţinutul acestui fişier (DG)
• "Doc" subdirector, gol pentru acum, dar este gândul care contează (DG)

jmol-0.0.3

• Site codificatoare favoare Jef Poskanzer au fost utilizate pentru a exporta fişiere GIF şi PPM (DG)
• Noua "Display" Menu cu submeniurile pentru atomi, obligaţiuni, şi etichete (DG)
• New Icoane favoare Dean Jones s-au folosit ori de câte ori este posibil (DG)

jmol-0.0.2

• Etichete Ato (DG)
• multi-cadru XYZ file-citeşte (DG)
• Animaţie (DG)
• Preferinţe de dialog (DG)

jmol-0.0.1

• Totul (DG)
• Vârfuri Sensible poligon pentru Obligatiuni QuickDraw (MB)
• single-frame fişier citeşte XYZ (DG)