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Le programme Jmol a une option de la ligne de commander pour exécuter des scripts:
[--script]
. La syntaxe courante est:
jmol [--script {rasmol.script}]
Ceci permet de lancer jmol avec un script Rasmol. La syntaxe de ces scripts est expliquée dans Scripts RasMol/Chime.
Alternativement, Jmol peut être lancé avec un argument étant un nom de fichier:
jmol {file}